Tandis que Miaouss et nos héros arrivent à Méanville, Jessie et James se préparent à mettre en œuvre leur plan diabolique, sous la direction du Dr. Zékor. Au remarquable Centre Pokémon de Méanville, Miaouss convainc nos amis d’accorder à leurs Pokémon un massage relaxant, prodigué dans la Réserve sécurisée du Centre Pokémon. Mais il s’avère que Miaouss fait toujours partie de la Team Rocket, et que son amitié avec nos héros n’était qu’une ruse pour pouvoir pénétrer dans la Réserve et voler les Pokémon qui s’y trouvent !

Pendant ce temps, les Chefs métro de Méanville, Chammal et Chamsin, enquêtent sur le mystérieux “Train fantôme” qui a été signalé maintes fois sur le réseau. Mais soudain, toute une série d’incidents causés par la Team Rocket et le Dr. Zékor sèment le chaos dans Méanville ! Toutefois, Rachid arrive à relier entre eux les récents événements: les apparitions du Train fantôme, les Poké Balls manquantes du Centre Pokémon, le pont-levis de Méanville bloqué en position haute... Tous ces faits font partie du plan de la Team Rocket pour voler de très nombreux Pokémon, ceux de nos héros y compris !

Rachid, Sacha et Iris se lancent à la poursuite du Train fantôme en utilisant la voiture courrier qui relie le bureau de poste de Méanville à la ligne de métro, mais de nombreux Trains fantôme factices les induisent en erreur, ainsi que Chammal et Chamsin ! Arriveront-ils à secourir leurs Pokémon et à sauver Méanville du désastre ?!