La Team Rocket a capturé Meloetta, l'a emmenée dans le Temple Englouti et a utilisé un enregistrement de son chant pour ramener le temple à la surface des eaux. L'Opération Tempête continue. Giovanni s'empare du mystérieux Miroir Sacré et l'utilise pour faire apparaître les trois Pokémon légendaires Boréas, Fulguris et Démétéros ! Le Protecteur de Meloetta, Hugo, explique que celui qui contrôle Meloetta contrôle aussi ces trois puissances ancestrales. De nombreux êtres diaboliques ont voulu prendre le contrôle de la région d'Unys au fil du temps en utilisant le pouvoir du Miroir Sacré. Nos héros découvrent avec effroi que les trois Pokémon légendaires ont pris leur Forme Totémique et se préparent à ravager la région d’Unys ! Sacha et Pikachu se débrouillent pour s'échapper de leur cage, et un terrible combat commence. Le Dracolosse d'Iris, le Feuillajou de Rachid, le Carchacrok de Cynthia, le Golemastoc de Hugo et le Déflaisan de Sacha se joignent à Pikachu pour combattre Boréas, Fulguris et Démétéros. Une terrible attaque de Fulguris manque Iris de peu mais Pikachu se jette en travers de l’éclair pour la protéger. Puis, grâce à l’électricité produite par l’attaque, Pikachu lance une énorme Boule Élek pour vaincre la Team Rocket et libérer Meloetta ! Mais Giovanni détient toujours le Miroir Sacré, et sans l’influence apaisante de Meloetta, il est soudain consumé par ses propres ambitions diaboliques. Au lieu de conquérir Unys, il veut maintenant détruire la région ! Jessie, James et Miaouss interviennent et, dès que le Boss a retrouvé ses esprits, la Team Rocket se retire à contrecœur. Hugo utilise alors le Miroir Sacré pour rendre aux trois Pokémon légendaires leur forme originale, et le chant de Meloetta apaise leur colère. Le désastre a été évité, Hugo et Meloetta disent adieu à nos héros et se préparent à rentrer chez eux. Mais Sacha sait qu’ils se retrouveront un jour, et tous les regards se portent à nouveau sur la Ligue d'Unys !