Sur le pont du luxueux paquebot, Sacha, Iris et Rachid distinguent dans le brouillard une forme évoquant un Pokémon géant ! Personne d’autre ne l’a vue, et ils décident donc, lors de leur prochaine escale, sur l’Île du Grand Spectre, de demander aux insulaires s’ils savent quelque chose à ce sujet. Un commerçant leur parle d’une rumeur concernant un Pokémon gigantesque aperçu sur l’île voisine, et ils se précipitent pour aller voir ce qu’il en est, sans lui laisser le temps d’expliquer que cette rumeur date de 10 ans !
La petite île voisine semble être une réserve naturelle pour Pokémon et, alors qu’ils parcourent la forêt, nos héros sont attaqués par un gigantesque Aflamanoir, qui les accule en haut d’une falaise ! Il effraye aussi d’autres Pokémon sauvages, dont un Trompignon qui attaque Coupenotte avec Spore et le plonge dans un profond sommeil ! Pikachu tente de s’en prendre à l’énorme Pokémon, mais ses attaques restent sans effet. Puis un être mystérieux portant des lunettes de soleil se dresse entre nos héros et Aflamanoir avant de disparaître en même temps que ce dernier ! Rachid pense qu’ils ont été victimes d’illusions, mais ils ont un autre problème pressant sur les bras. En effet, Coupenotte ne se réveille pas, et il faut donc l’amener dans un Centre Pokémon.
Ils découvrent alors un Centre Pokémon presque en ruine, caché dans la forêt, et rempli de Pokémon sauvages qui s’enfuient quand ils arrivent ! Un Nanméouïe apparaît et va ensuite chercher l’Infirmière Joëlle… qui revient sans Nanméouïe. Sacha n’y comprend rien, parce que l’Infirmière Joëlle et Nanméouïe travaillent toujours ensemble. Autre détail curieux : l’Infirmière Joëlle prépare un médicament pour Coupenotte en écrasant des Baies dans un mortier ! Mais cette méthode artisanale est efficace, et Coupenotte se réveille plein d’énergie !
Soudain, le mystérieux personnage aux lunettes de soleil réapparaît et se présente : c’est une Infirmière Joëlle plus âgée qui enquête sur les Centres Pokémon. Elle explique que ce Centre Pokémon a été fermé parce qu’il n’y avait pas assez de Dresseurs sur l’île. Et elle accuse la jeune Infirmière Joëlle d’être un imposteur !
Cette dernière se trouble et nos héros ont une vision étrange : l’enquêteur Infirmière Joëlle, dix ans plus tôt, amène une Zorua blessée au Centre Pokémon. Elle explique à nos héros qu’elle a relâché Zorua dans la forêt après l’avoir soignée, mais que Zorua était souvent revenue l’aider. Elles sont devenues de grandes amies, puis le Centre a été fermé, mais Zorua ne venait plus, et elle n’a donc pas pu la prévenir de son départ.
Bientôt, tout s’éclaire : l’Infirmière Joëlle qui a soigné Coupenotte, et son Nanméouïe, ne sont autres que Zoroark déguisée ! Zoroark, l’évolution de la Zorua que l’Infirmière Joëlle avait soignée, a dirigé seule le Centre Pokémon pour aider les Pokémon sauvages qui vivent sur l’île. L’Infirmière Joëlle est touchée et propose de rester pour rouvrir officiellement le Centre Pokémon afin que Zoroark et elle prennent soin ensemble des Pokémon sauvages de l’île. Nos héros se proposent pour remettre le Centre à neuf et, après l’avoir nettoyé de fond en comble, ils repartent pour de nouvelles aventures !
