Mentre Ash, entusiasta, arriva nella regione di Unima insieme a Pikachu, sua mamma e il Professor Oak, scopriamo che Giovanni ha assegnato un compito importante al Team Rocket, sempre nella regione di Unima. Mentre Jessie, James e Meowth si preparano per la loro nuova missione, il Professor Oak presenta ad Ash la Professoressa Aralia, uno dei migliori ricercatori della regione di Unima. Improvvisamente appare una nuvola scura di temporale e Pikachu viene colpito da una scarica enorme di elettricità. Dopo aver esaminato Pikachu, la Professoressa Aralia non sembra trovare niente che non vada. Ma, successivamente, quando Ash lotta contro un nuovo Allenatore di nome Diapo e il suo Pokémon iniziale Snivy, Pikachu non riesce a utilizzare nessuna mossa di Tipo Elettro. Tornati al laboratorio della Professoressa Aralia, scopriamo che Pikachu ha assorbito un enorme quantità di energia durante il temporale e, proprio in quel momento, la stessa nuvola scura riappare. La Professoressa Aralia racconta la storia del Pokémon Leggendario Zekrom, che fa sì che tutti si chiedano cosa quale sia stata realmente la causa della misteriosa scomparsa dei poteri di Tipo Elettro di Pikachu. Riuscirà Pikachu a recuperare i suoi poteri?