Die Volttackle-Aeronauten werden aktiv, als sie herausfinden, dass die Entdecker hinter dem Bau eines geheimnisvollen Turms auf einer nahe gelegenen Insel stecken. Dot beginnt mit der Arbeit an einem Programm zur Deaktivierung des Geräts, mit dem die Entdecker das Schwarze Rayquaza rufen wollen, während Friedel, Liko und Rory sich auf den Weg zum Turm machen, um Nachforschungen anzustellen. Spinel stellt Friedel und Flugkapitän Pikachu im Turm eine Falle, doch nach einem heftigen Kampf gelingt es ihnen, zu entkommen. In der Zwischenzeit stoßen Liko und Rory an einem Leuchtturm auf Chalisa, Coralia und Sidian. Dort steht das Gerät der Entdecker, das Terapagos’ Resonanz imitiert, um Rayquaza anzulocken. Als Rayquaza schließlich auftaucht, starten die Entdecker einen Überraschungsangriff ... Wird ihr Plan gelingen?