Uma nova aventura está começando dentro do vasto mundo Pokémon! Chegando à Academia Índigo, uma garota chamada Liko recebe seu primeiro parceiro Pokémon, Sprigatito. Mas ela logo se vê perseguida pelos Desbravadores, um grupo misterioso que está determinado a pegar o pingente do colar que ela usa. Liko não está sozinha, pois Friede, Capitão Pikachu e os outros Trovonautas oferecem proteção a bordo de seu dirigível. Enquanto isso, um garoto chamado Rain sonha se tornar um Treinador de Pokémon, sem saber do segredo escondido dentro da Poké Bola Ancestral que ele carrega. Enquanto Liko, Rain e os Trovonautas partem em busca de novos horizontes, que tipo de descobertas os aguardam?